Les contrôles sont effectués sur l'ensemble des zones où la baignade est habituellement pratiquée et où elle n'a pas fait l'objet d'une interdiction permanente.
La directive n°76/160/CEE du 8 décembre 1975 fixe les conditions selon lesquelles doivent être effectuées les campagnes de surveillance ainsi que les Seuils à ne pas dépasser pour les différents indicateurs de la qualité de l'eau. Les analyses courantes portent sur la recherche des coliformes totaux, coliformes fécaux et Streptocoques fécaux, indicateurs d'une contamination d'origine excrémentielle. Ces germes microbiens ne constituent pas en eux-mêmes un danger pour les baigneurs, mais peuvent indiquer, par leur présence, celle simultanée de germes pathogènes dangereux. Une description visuelle de différents paramètres physico-chimiques (résidus goudronneux, matières flottantes, Phénols, mousses, Huiles minérales…) est également effectuée par le préleveur. La fréquence des prélèvements requise par la directive n°76/160/CEE est bimensuelle durant la saison balnéaire, un premier prélèvement devant être effectué avant le début de la période.
L'organisation des programmes de surveillance est faite à l'échelon départemental, au début de chaque saison balnéaire, par les Services déconcentrés du Ministère chargé de la Santé (DDASS), en coordination sur le plan analytique avec les laboratoires agréés qui réalisent les analyses. La liste des points de surveillance ainsi que les programmes (date de début des contrôles, fréquence des prélèvements) sont établis par les DDASS ( DDASS 16, DDASS 17, DDASS 79 et DDASS 86) en liaison avec les collectivités territoriales. Les points de surveillance sont choisis en fonction de l'importance de la fréquentation, de la nature des lieux (relief, forme du rivage, étendue des plages…), des risques particuliers de pollution pouvant exister (rejets d'eaux usées…). La période de la saison balnéaire recommandée et généralement retenue s'étend pour les baignades en mer du 20 juin au 7 septembre et pour les baignades en eau douce du 1er juillet au 31 août.
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