Les déchets, tant par la nature de leurs composants que par les quantités produites et leur mode de traitement, représentent une lourde pression notamment sur l'eau, les sols, l'air et le patrimoine naturel.
Dans une installation de stockage des déchets, le principe général de l'enfouissement consiste à stocker les déchets, en supprimant leur contact direct avec le sol, à récupérer les jus polluants et, au-dessus, le biogaz issu de la fermentation. La réglementation limitant les rejets à l'atmosphère ou dans les eaux est susceptible d'éviter les expositions à de fortes doses, même pendant une courte durée. Ainsi, sauf dysfonctionnement, les rejets d'une installation qui respecte les règles d'exploitation fixées par les textes réglementaires sont faiblement concentrés en toxiques majeurs. En cas contraire, des rejets liquides peuvent apparaître lors de la transformation des déchets et sans traitement adéquat, ces Lixiviats finissent par polluer le sol (par percolation au travers), les nappes phréatiques ainsi que les cours d'eau. Toutes les Décharges, en l'absence d'étanchéité naturelle ou artificielle du fond de dépôt, sont soumises à ce risque.
Par ailleurs, les dioxines, émises notamment par les UIOM, se déposent directement sur le sol, en grande partie sous forme fixée aux particules et sont retrouvées généralement dans les 10 premiers centimètres de profondeur des sols cultivés ou pâturés. Leurs concentrations dans les sols reflètent une contamination à long terme. Elles pénètrent également les systèmes aquatiques par les dépôts atmosphériques, l'érosion par les eaux des sols pollués et les rejets aqueux des industries utilisant le chlore. Cependant, leurs niveaux de concentration dans l'eau sont généralement très faibles.
En région, il existe en 2004, 11 centres de stockage ouverts d'une capacité supérieure à 3000 tonnes par an et 7 UIOM. En 2002, plusieurs installations de stockage de déchets ménagers et assimilés ont cessé leur exploitation en région car elles ne respectaient pas les nouvelles normes réglementaires nationales.
En 5ième position derrière les secteurs : agriculture, transports, industrie et résidentiel-tertiaire, le secteur de traitement des déchets participe aux émissions de Gaz à Effet de Serre (GES) dans la mesure où le traitement des déchets est principalement source de méthane. Sa participation au Réchauffement Global s'établit à 1 118 113 tonnes équivalents CO2. A noter que la moitié du méthane produit par les Décharges est brûlé sur des torchères qui permettent de le transformer en CO2, dont le Pouvoir de Réchauffement Global est 21 fois moindre que celui du méthane.
Dans une installation de stockage des déchets ménagers et assimilés, le biogaz produit doit être collecté par un réseau de canalisations de captage traversant le massif de déchets. Une partie des gaz formés peut parfois échapper au système de captage et entraîner une pollution diffuse. De plus, les opérations de déversement de déchets, au quai de rupture ou sur la plate-forme d'accueil puis au niveau des alvéoles, génèrent des émissions dans l'air ambiant de Poussières et de gaz composés d'agents dangereux comme certains COV ou des bactéries et des microchampignons.
Les usines d'Incinération quant à elles produisent la majeure partie du HCl et des dioxines. Les fumées d'Incinération contiennent également des Poussières et potentiellement des furannes, du SO2, des NOx ou encore des COV.
Enfin, dans les installations de Compostage, le traitement est basé sur des fermentations contrôlées agissant en présence d'air. Elle peut être accélérée par aération forcée. L'activité microbienne s'accompagne alors d'une élévation de température qui génère des bioaérosols. De plus, les microorganismes présents dans le compost sont susceptibles de s'aérosoliser lors de la manipulation du produit par exemple.
Les dépôts sauvages de déchets ainsi que les emballages et sacs plastiques abandonnés en pleine nature constituent à la fois une pollution visuelle et une dégradation des sites et paysages. De plus, les déchets envolés ou déposés sans protection qui contiennent une partie organique servent parfois de nourriture à des animaux et peuvent ainsi être à l'origine de la prolifération de rongeurs, d'insectes et d'oiseaux notamment aux alentours des installations de stockage des déchets ménagers et assimilés.
Ces animaux peuvent être vecteurs d'agents pathogènes à l'origine de maladies humaines et sont à l'origine de nuisances psychologiques puisqu'ils sont à l'origine de bruits et sont considérés comme répugnants (rongeurs, mouches…). Par ailleurs, les sacs plastiques représentent un danger immédiat pour certains animaux marins (cétacés, tortues, phoques) qui les confondent avec des proies et parfois meurent étouffés. De plus, les dioxines, émises notamment par les UIOM, se déposent à la surface des feuilles des végétaux, contaminant alors les animaux herbivores. Leurs concentrations dans les végétaux reflètent une contamination de faible antériorité.
A noter qu'en région, Valagro a mis au point un matériau biodégradable en milieu naturel (ne nécessitant pas l'étape de Collecte sélective pour être acheminé vers un site de Compostage) qui permet notamment de produire des sacs biodégradables.
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