La Directive Cadre sur l'Eau a pour objectif majeur « le bon état des eaux » d'ici 2015 (bon état écologique et chimique des eaux de surface et bon état chimique et quantitatif des eaux souterraines).
En 2005, les Agences de l'Eau présentaient donc, comme le stipulait la DCE, un « état des lieux » des eaux de surfaces et souterraines. Celui-ci a permis de déterminer, pour chaque masse d'eau, le risque de ne pas atteindre le bon état en 2015.
Le littoral Picto-Charentais regroupe 7 masses d'eau côtières et 5 masses d'eau de Transition.
Pour la partie du Poitou-Charentes située sur le bassin Loire-Bretagne, 4 masses d'eau sur 5 sont classées en Risque de Non Atteinte de l'objectif de Bon Etat des eaux en 2015. La masse d'eau « Ile de Ré-Large » est la seule a pouvoir respecter les objectifs.
Les masses d'eau de transition « estuaires du Lay » et « Estuaire de la Sèvre Niortaise » ont été retenue comme fortement modifiées (présence de barrages ou de portes).
Pour la partie du Poitou-Charentes située sur le bassin Adour-Garonne, la totalité des masses d'eau est classée en Risque de Non Atteinte de l'objectif de Bon Etat des eaux en 2015. Seul un doute subsiste pour la masse d'eau de la côte Nord-Est de l'île d'Oléron qui fera l'objet d'analyses ultérieures avec des données qualitatives complémentaires.
La masse d'eau côtière « Pointe de la Fumée/Pointe des Saumonards/Pointe de Gatseau » et la masse d'eau de Transition « Estuaire de la Seudre » ont été désignées comme masse d'eau fortement modifiée (anthropisation du trait de côte, zone conchylicole, sites d'immersion de produits de dragage, remaniement de sédiments nécessaire au maintien de la navigation).
Les masses d'eau fortement modifiées, à la différence des autres masses d'eau, n'ont pas à atteindre le « bon état écologique » mais le « bon potentiel écologique ». Le potentiel écologique maximal étant le meilleur état écologique qui puisse être obtenu, compte tenu des altérations physiques (hydromorphologiques) inévitables. Il s'agit d'améliorer au maximum l'état écologique de la masse d'eau malgré les contraintes existantes et les altérations physiques qu'elles provoquent.
Ont été désignées comme risquant de ne pas atteindre le bon état 2015 :
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