La qualité de la ressource est étroitement liée aux eaux marines du large entrant dans les pertuis (dépendantes des pollutions accidentelles, des dégazages en mer…), mais aussi à la qualité des eaux continentales qui se déversent sur le littoral.
Outre les actions spécifiques au milieu marin, la protection des eaux littorales s'insère dans le cadre général de la réglementation sur l'eau.