Les pressions sur la ressource en eaux littorales sont en grande partie liées à la présence de l'homme et de ses activités. Les polluants d'origine industrielle, agricole, urbaine ou portuaire, parviennent au milieu marin, soit directement par les rejets en mer, soit indirectement par les rivières (plusieurs bassins versants sont concernés : ceux de la Sèvre, du Lay, de la Charente, de la Seudre, de la Gironde).
La pollution diffuse des eaux continentales aboutit en effet dans les eaux marines. Mais on ne connaît pas avec précision les quantités de polluants qui arrivent en mer. Il est donc très difficile de connaître l'effet réel de cette pollution dans le milieu. Il serait pour cela nécessaire d'approfondir les connaissances sur le transfert des polluants au sein des bassins versants, sur leur devenir dans les zones de transition. Les zones humides, douces et salées jouent probablement un rôle important de tampon. Le bouchon vaseux, dans les estuaires, est également une barrière et un réservoir pour de nombreux composés chimiques. Les sédiments marins piègent aussi des quantités très importantes de ces composés et jouent donc un rôle déterminant de puits, mais avec un risque significatif de remise en circulation lors de mouvements importants des sédiments. Dans tous les cas, les connaissances n'existent que sur un nombre limité de composés.
Enfin, la capacité naturelle des zones côtières à disperser et assimiler les polluants est limitée. Ces pollutions entraînent donc une dégradation de la qualité des eaux.
