S'effectuant en milieu naturel, la production conchylicole dépend largement de conditions externes comme les conditions climatiques mais aussi des caractéristiques du milieu, tout particulièrement celles de l'eau, tant quantitatives que qualitatives.
Le littoral est une zone de rencontre entre les eaux douces et les eaux saumâtres propice à la reproduction et à l'élevage des coquillages.
Sur l'estran, portion du littoral comprise entre les plus hautes mers et les plus basses mers (zones de balancements des marées) sont disposés les parcs à huîtres. L'estran est une zone spécifiquement d'élevage.
Les marais salés sont occupés en claires. Les claires sont d'anciens marais salants reconvertis (claires de sartières) ou des bassins spécifiquement creusés pour la finition des huîtres (claires restructurées).
La profondeur d'eau varie entre 20 et 50 centimètres.
L'utilisation du marais est multiple, mais réservé cependant à l'affinage.
L'étude du secteur conchylicole est donc indissociable de l'étude du système hydrographique global constitué par la bande côtière, les marais doux et salés, les chenaux, le bassin versant…
Les claires sont alimentées en eau de mer par gravité, l'eau étant renouvelée à chaque maline (marée de vive eau) par des dérases ou des buses. Le choix du moment et de la durée de la prise d'eau permet à l'ostréiculteur en se fondant sur son expérience et son savoir-faire, de réguler la température, la salinité et la teneur en phytoplancton ou en oxygène de l'eau.
L'apport d'eau douce est également très important, mais plus difficilement gérable.
Au printemps et en été, l'arrivée d'eau douce dans le bassin conchylicole est souhaitée car elle véhicule des sels nutritifs (principalement les nitrates, présents en faibles quantités dans les eaux océaniques), nécessaires au développement du phytoplancton et donc à la croissance des coquillages.
Mais l'apport est souvent insuffisant à cette période de l'année.
La réduction des apports nutritifs minéraux qui en découle peut affecté la croissance des coquillages. De même qu'une salinité élevée peut nuire à la survie des larves d'huîtres.
En automne et en hiver, l'arrivée d'eau douce en trop grande quantité dans le marais salé n'est pas souhaitée.
Mais l'apport est souvent trop important à cette période de l'année.
Une baisse de salinité des eaux, si elle est progressive, peut alors modifier le goût des huîtres (elles perdent leur goût salé) ; si elle est soudaine, elle peut entraîner la mortalité des coquillages.
La bonne qualité des eaux conditionne la bonne qualité des produits :
La qualité de l'eau sur l'estran est déterminante pendant la phase de grossissement.
L'alimentation du coquillage bivalve filtreur, permettant sa croissance, résulte en effet de deux actions : le pompage et la filtration.
Le coquillage pompe l'eau de mer pour capter les particules nécessaires à son alimentation et l'oxygène indispensable à sa respiration (une huître pompe en moyenne 10 à 15 litres d'eau par heure). La filtration ne correspond quand à elle qu'à la rétention des particules microscopiques en suspension dans l'eau.
Le phytoplancton, constituant le principal aliment du coquillage filtreur est l'élément indispensable à sa croissance.
La quantité d'eau filtrée par l'huître variera principalement selon la température de l'eau (filtration maximale autour de 19°C), la salinité, la quantité de particules présentes dans l'eau.
Un coquillage qui vit dans une eau souillée, présente donc à son tour une contamination.
La concentration en germes fécaux dans un coquillage est fonction de la concentration dans le milieu extérieur et du taux de filtration.
La concentration dans le milieu extérieur est fonction de la concentration à la source modifiée par la dilution intervenant entre la source et le coquillage, et d'un facteur de mortalité des bactéries. Ce dernier varie notamment selon le germe considéré et les caractéristiques physiques du milieu (température, salinité, turbidité, taux de matières organiques …).
Le marais salé est un lieu de production privilégiée permettant d'offrir un produit de qualité supérieur. L'affinage en claires permet en effet outre la poursuite de l'engraissement, de modifier la qualité de la chair, le goût et la couleur de l'huître (verdissement) et d'accentuer le durcissement des coquilles.
En automne et en hiver, l'arrivée d'eau douce dans le marais salé, du fait de fortes pluies, entraîne également des risques de contamination bactériologique.
De nombreux polluants sont associés aux activités de pêche (produits utilisés ou déchets générés) et susceptibles de dégrader la ressource en eau. Cette pollution se produit majoritairement dans les ports lors du nettoyage ou de l'entretien des bateaux (aire de carénage, etc.).
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