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 Entrave au trafic
L'eau, utilisée comme voie de transport, doit posséder un régime hydraulique tel qu'il n'engendre pas de difficulté supplémentaire à la manœuvrabilité des bateaux. En ce qui concerne le transport maritime, la plupart des ports nécessite un dragage régulier de leur chenal d'accès, opération réalisée par les pouvoirs publics après avoir mené des analyses du volume de sédiment à enlever et de son éventuel niveau de contamination (toxique, métaux).
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Pollution diffuse
Les sédiments marins ôtés par dragage se comportent comme de véritables accumulateurs de polluants (métaux lourds, organostanniques, hydrocarbures, produits phytosanitaires, …), pouvant être à l'origine de relargage de ces substances polluantes vers les écosystèmes côtiers, notamment au cours de leur remise en suspension (dragage, tempête, …).
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Déstabilisation des écosystèmes D'une part, les dragages des zones portuaires peuvent entraver la préservation de la qualité des écosystèmes littoraux et plus particulièrement des zones à forte ressource biologique/économique (conchyliculture, …).
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D'autre part, les mouvements de navires dans les ports de Poitou-Charentes constituent un risque d'introduction dans les eaux françaises, par le rejet en mer sans précaution des eaux de ballast, d'organismes indésirables tels des bactéries, des virus, des invertébrés divers et surtout du phytoplancton, qui peut avoir des effets très néfastes si une espèce exotique, toxique pour les huîtres, les moules, voire les consommateurs, venait à s'établir, par ce biais, sur les côtes charentaises.
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Risque de pollution accidentelle
Le faible trafic de matières dangereuses des ports charentais, ainsi que de la faible fréquence de mouvements de navires font que dans l'ensemble, les pollutions accidentelles sont rares dans le département, et pour certaines, encore le fait d'actes de malveillance.
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