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L'enjeu patrimonial des milieux aquatiques et des zones humides repose sur la richesse spécifique et exceptionnelle de la biodiversité floristique et faunistique, de la production de biomasse (exploitée notamment par les activités aquacoles, agricoles,..) et leur importance dans de nombreux cycles fonctionnels (cycle de l'eau, migrations d'espèces avicoles et piscicoles, reproduction, nourriture, …) et des paysages.
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En plus de connaître l'état des milieux, il est nécessaire de lutter contre les pollutions, d'agir sur l'occupation des sols et sur leurs usages, de préserver des écoulements naturels, d'assurer aux marais des apports d'eau suffisants, de gérer les niveaux d'eau, d'entretenir les plans d'eau, les réserves et les ouvrages.
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 Favoriser l'autoépuration de l’eau
Après de fortes précipitations, et en règle générale en automne, on observe une meilleure oxygénation de l'eau (obtenue par brassage), de grande importance, en particulier pour les zones profondes : les cadavres et détritus organiques vont reprendre le cycle de leur décomposition biologique et les surplus de fertilisants ainsi que certains produits phytosanitaires seront fixés dans la vase donc indisponibilisés.
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De même, les végétaux aquatiques fixent ces mêmes matières ou les utilisent pour leur croissance. En les éliminant, il est possible de favoriser l'épuration d'un secteur, des plans d'eau et des bras morts des rivières.
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Il peut aussi être important de maintenir un certain débit afin de permettre l'entrainement des débris et des sédiments et l'oxygénation de l'eau.
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Préserver les écosystèmes aquatiques
La gestion du milieu aquatique réclame la mise en œuvre d'une politique appropriée de préservation du patrimoine environnemental régional.
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Les inventaires (ZNIEFF, ZICO, …) permettent d'identifier les espaces qui méritent une attention particulière quant à leur conservation. Leur protection et leur gestion sont mises en œuvre par l'application de mesures réglementaires ou par des protections contractuelles dans le respect des Directives européennes et des Conventions internationales.
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La politique de protection des espaces naturels et des paysages, qui apparaît comme la pièce maîtresse du dispositif de maintien de la biodiversité, intervient sous deux formes, dans lesquelles la protection est mise en œuvre par l'application de mesures réglementaires et de protections contractuelles.
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Entretenir des milieux
Une gestion équilibrée des berges et du lit d'une rivière par des opérations d'entretien régulier favorise un contrôle efficace de l'évolution ultérieure du milieu aquatique et peut contribuer :
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à la prévention des phénomènes d'érosion et d'inondations,
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à l'amélioration du cadre de vie,
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au développement du potentiel touristique par la redécouverte du milieu naturel,
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Les acteurs de ce suivi et cet entretien régulier des cours d'eau sont les syndicats intercommunaux d'aménagement hydraulique (SIAH) ou de collectivités locales possédant la compétence rivière. On observe une tendance croissante pour ces structures à se doter d'un technicien de rivière, dont la mission commence par l'observation du cours d'eau et comprend la préparation des chantiers nécessaires, leur suivi technique et administratif, la communication avec les partenaires et la population … Les travaux d'entretien et d'aménagement de cours d'eau en Poitou-Charentes sont menés avec les concours financiers de l'Etat (plan décennal de restauration des rivières), des Conseils Généraux et du Conseil Régional, et le soutien technique des Directions Départementales de l'Agriculture et du Conseil Supérieur de la Pêche.
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Maintenir ou restaurer les écoulements naturels
Les impacts et les risques induits par la présence de microcentrales sur les cours d'eau sont nombreux : obstacles à la migration des poissons, ennoiement de frayères, réduction des débits en cas de dérivation, fluctuation brutale des débits en cas de fonctionnement par éclusées ou lors de surverses, blocage du transport solide, altération de la qualité du cours d'eau lors des opérations de désenvasement.
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Prévenir en amont les pollutions
La réduction des apports polluants passe par le respect des normes des rejets de station d'épuration, par une utilisation raisonnée et judicieuse des engrais chimiques et des produits phytosanitaires, l'amélioration des pratiques culturales, l'aménagement du bassin versant, ...
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