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Diverses collectivités ont proposé aux agriculteurs, qui exploitent à proximité de leur captage, de s'engager à respecter un cahier des charges de pratiques agricoles favorables à la préservation de la qualité de l'eau, et de percevoir en contrepartie une aide annuelle calculée par hectare et payée par le service d'eau. C'est par exemple le cas de la Ville de Lons-le-Saunier pour la production des six captages qui exploitent la nappe phréatique de Villevieux et fournissent environ les deux tiers de la consommation d'eau potable de l'agglomération.
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Inquiète depuis la fin des années 1980 de la dégradation de la qualité de l'eau de la nappe
(présence d'atrazine au-delà de la limite réglementaire, croissance de la concentration de nitrates), la Ville de Lons-le-Saunier a réalisé diverses études, mis en place des périmètres de protection et acquis, en 1990, 35 hectares dans le périmètre de protection rapprochée.
Ayant constaté en 1992 que les taux de nitrates semblaient stabilisés, mais que la concentration en atrazine continuait de croître, la Ville et la chambre d'agriculture du Jura ont élaboré et proposé aux agriculteurs des conventions d'adaptation des pratiques culturales. Conclues en 1993 pour une durée de trois ans, les conventions ont été renouvelées en 1996 pour cinq ans et couvraient 134 ha.
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Pour les terres labourées, les exploitants s'engagent à ne pas cultiver de maïs, à réaliser un couvert végétal hivernal, à établir leur plan d'assolement avec l'aide d'un technicien de la chambre d'agriculture, à réaliser un bilan du reliquat d'azote dans le sol et à respecter un programme de fertilisation et de traitement minimum. Ils perçoivent en contrepartie une indemnité de 1 700 F/ha/an (259 €/ha/an) ; cette indemnité est réduite à 1 100 F/ha/an (168 €/ha/an) pour les terrains dont la ville est propriétaire et qu'elle met à leur disposition.
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Pour les prairies permanentes, les exploitants reçoivent une indemnité de 800F/ha/an
(122 €/ha/an) en contrepartie de l'engagement de maintenir la prairie. Parallèlement, des mesures agri-environnementales (financées par le Département et l'Agence de l'eau) ont été mises en place sur 170 ha.
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Le coût annuel du dispositif de conventions (hors acquisitions foncières) est d'environ 250 000 F (38 112 €) dont 20 000 F (3 049 €) pris en charge par l'Agence de l'eau, et le reste par la Ville, soit environ 12 centimes de franc par mètre cube d'eau.
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Les nitrates semblent stabilisés (environ 18 mg/l) et la concentration en atrazine a baissé, mais reste supérieure à la limite réglementaire. Il apparaît maintenant que pour restaurer la qualité de l'eau de la nappe, il faudra intervenir sur une fraction plus importante voire sur la totalité de la zone d'alimentation des captages. Il paraît cependant difficilement imaginable, au moins pour des
raisons économiques, d'étendre le dispositif existant sur des surfaces beaucoup plus importantes.
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(Source : Rapport d'évaluation de la politique de préservation de la ressource en eau destinée à la consommation humaine, Commissariat Général au Plan)
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